De Nieuwe kerk maakt deel uit van het historische Abdijcomplex, in het centrum van Middelburg. Dit complex stamt uit de 12e eeuw. In de loop van de 14e en 15e eeuw ontstonden uit één kerk twee kerken. De Koorkerk werd bestemd voor kloosterlingen en de Nieuwe Kerk voor parochianen.

In 1568 woedde een grote brand, waardoor de kerk zwaar beschadigde. Bij de herbouw kreeg de kerk zijn huidige vorm. Bij het stadsbombardement op 17 mei 1940 is het abdijcomplex met de Nieuwe Kerk in vlammen opgegaan. In 1941 werd meteen aan de restauratie begonnen, maar deze heeft vele jaren geduurd.

De Nieuwe Kerk is in gebruik door de Protestantse Gemeente Middelburg. Iedere zondag om 10.00 uur is er een kerkdienst.